Myndighetens huvudsakliga uppgifter framgår av förordningen (2011:619) med instruktion för Havs- och vattenmyndigheten.

Havs- och vattenmyndigheten ska redovisa hur myndigheten i sitt arbete med frågor om bevarande, restaurering och hållbart nyttjande av sjöar, vattendrag och hav har bidragit i genomförandet av målsättningarna i Agenda 2030. Myndigheten ska också redovisa hur myndigheten har samverkat med andra aktörer i arbetet med att genomföra Agenda 2030. 

Havs- och vattenmyndigheten ska redovisa åtgärder som myndigheten vidtagit för att ständigt förbättra sitt miljöledningsarbete. Av redovisningen ska framgå hur myndigheten arbetat med tydliga och mätbara mål, vilka åtgärder som vidtagits för att nå målen, hur arbetet följs upp samt hur myndigheten arbetar för tydlighet i sin redovisning av miljöledningsarbetet.

Havs- och vattenmyndigheten ska redovisa hur myndigheten arbetar för att en ekosystembaserad fiskförvaltning ska vara en integrerad del i att uppfylla målen i havs- och vattenförvaltningen samt miljömålen. Redovisningen ska även innehålla en beskrivning av hur Havs- och vattenmyndigheten samråder med berörda myndigheter, näringar och intresseorganisationer i frågan.

Havs- och vattenmyndigheten ska redovisa resultat av de insatser som har gjorts för att genomföra regelverket för den gemensamma fiskeripolitiken och då särskilt avseende förstärkt fiskerikontroll, inklusive landningsskyldigheten.

Havs- och vattenmyndigheten ska redogöra för arbetet för att underlätta genomförande och uppföljning av ett generellt stopp för bottentrålning, med möjlighet till begränsade undantag i förvaltningsplanen, i skyddade områden.

Havs- och vattenmyndigheten ska redovisa hur myndigheten i det svenska genomförandet av nationell och EU-reglerad förvaltning av ål säkerställt att alla åtgärder genomförts så att skyddet av beståndet prioriteras.

Havs- och vattenmyndigheten ska inom ramen för sitt arbete samt för målen i den nationella maritima strategin, återrapportera hur myndigheten utvecklar och främjar arbetet med innovation för lösningar på marina miljöutmaningar och utveckling av hållbar blå ekonomi.

Havs- och vattenmyndigheten ska inom ramen för sitt arbete med ett hållbart nyttjande och en hållbar förvaltning av fiskresurserna redovisa hur myndigheten beaktat blå näringars, inklusive fiskerinäringens och vattenbrukets, förutsättningar och vilka effekter myndighetens arbete och förvaltningsbeslut har haft på fiskerinäringens utveckling och långsiktiga konkurrenskraft. Redovisningen ska särskilt belysa utvecklingen av det småskaliga kustnära fisket.

Havs- och vattenmyndigheten ska redovisa resultatet av det arbete som genomförts för att se till att de regelverk och rutiner som myndigheten förfogar över är kostnadseffektiva och förenklar för medborgare och företag. Myndigheten ska särskilt redogöra för det förenklingsarbete som genomförts för att uppnå en positiv förändring i företagens vardag, för alla företagare men med fokus på småskaligt fiske, kustnära fiske och vattenbruk. I detta ingår att rapportera de åtgärder som gjorts för att underlätta för företagen att göra rätt och minimera den administrativa bördan för företagen i linje med livsmedelsstrategins mål. 

För att stärka det internationella samarbetet mot övergödning ska Havs- och vattenmyndigheten i samarbete med Statens jordbruksverk och andra berörda myndigheter utreda förutsättningarna för ett ökat samarbete mellan Östersjöländerna för att minska övergödningen i Östersjön, inklusive möjligheten till ett internationellt handelssystem med utsläppsrätter. Uppdraget ska redovisas till regeringen (Miljödepartementet) senast 30 juni 2021.

Havs- och vattenmyndigheten ska samordna berörda svenska myndigheters genomförande av HELCOM:s uppdaterade aktionsplan för Östersjön (BSAP) och OSPAR:s miljöstrategi för Nordostatlanten (NEAES) som planeras att antas 2021. De myndigheter som berörs är i första hand Statens jordbruksverk, Kustbevakningen, Transportstyrelsen och Naturvårdsverket. Uppdraget ska redovisas till regeringen (Miljödepartementet) den 1 april 2022.

Havs- och vattenmyndigheten ska redovisa beslut om att anta ett nationellt åtgärdsprogram för tumlare eller, om ett sådant beslut ännu inte fattats, lämna en redovisning över myndighetens pågående arbete med att anta ett sådant nationellt åtgärdsprogram för tumlare samt ange beräknad tidpunkt för när programmet kommer att antas. Uppdraget ska redovisas till regeringen (Miljödepartementet) senast den 31 mars 2021.

Havs- och vattenmyndigheten ska genomföra de förslag som myndigheten redovisade till regeringen med anledning av uppdraget att föreslå hur försök med kamerabevakning av fiskefartyg kan genomföras för att se till att landningsskyldigheten efterlevs (N2019/02391/FJR). Vid behov ska även fiske med risk för bifångst av tumlare inkluderas. Uppdraget ska redovisas till regeringen (Näringsdepartementet) senast den 31 mars 2024.

Havs- och vattenmyndigheten ska utreda hur fiskeregleringarna kan utvecklas för att skydda kustlekande bestånd av sill i norra Egentliga Östersjön (SD 27 samt 29). Uppdraget ska redovisas till regeringen (Näringsdepartementet) senast den 31 mars 2022. 

Havs- och vattenmyndigheten ska bistå regeringen i förberedelser och genomförande av högnivåmötet Stockholm+50, som äger rum år 2022. Arbetet ska utformas efter dialog med Regeringskansliet (Miljödepartementet) och arbetet med att ta fram underlag ska ske i dialog med andra berörda myndigheter.

Havs- och vattenmyndigheten ska bistå Regeringskansliet i arbetet med att ta fram en nationell bioekonomistrategi och därtill knutna handlingsplaner. I propositionen En samlad politik för klimatet – klimatpolitisk handlingsplan (prop. 2019/20:65) aviserar regeringen att man avser att ta fram en svensk bioekonomistrategi tillsammans med de gröna näringarna inklusive fiskenäringarna som bidrar till ökad tillgång till biomassa och sysselsättning i hela landet och skapar miljö- och klimatnytta. Bioekonomistrategin kompletterar regeringens strategi för cirkulär ekonomi och ska vara väl förankrad i vetenskaplig kunskap. Uppdraget ska redovisas till regeringen (Näringsdepartementet) senast den 31 mars 2022. 

Havs- och vattenmyndigheten ska, med stöd av Naturvårdsverket och andra berörda myndigheter, utifrån befintligt kunskapsunderlag tillhandahålla en kunskapssammanställning av vattenkraftdammars och andra dammars för- och nackdelar för naturvård och biologisk mångfald samt potentiella betydelse för att minska risken för erosion, övergödning och översvämningar jämfört med om dammarna inte skulle finnas. Uppdraget ska redovisas till regeringen (Miljödepartementet) senast den 1 oktober 2021.

Havs- och vattenmyndigheten ska redovisa hur medlen inom anslag 1:11, Åtgärder för havs- och vattenmiljö, har använts under 2021. Av redovisningen ska framgå hur medlen använts inom förvaltningsområdena havsförvaltning, vattenförvaltning och fiskförvaltning. Redovisningen ska även innehålla en bedömning av vilka sysselsättningseffekter som användningen av anslag 1:11 har gett upphov till samt hur mycket som betalats ut i riktade statsbidrag till kommuner. Uppdraget ska redovisas till regeringen (Miljödepartementet) senast den 31 mars 2022.

Havs- och vattenmyndigheten ska redovisa hur den del av anslaget 1:2 Miljöövervakning som står till Havs- och vattenmyndighetens disposition har använts under 2021. Rapporteringen ska även innehålla en redovisning av övervakning och datainsamling som finansieras med andra medel som Havs- och vattenmyndigheten förfogar över. Uppdraget redovisas till regeringen (Miljödepartementet) senast den 31 mars 2022.

Havs- och vattenmyndigheten ska redovisa prognoser för 2021–2024 vid nedanstående prognostillfällen. Prognoserna ska kommenteras både i förhållande till föregående prognostillfälle och i förhållande till budgeten. Prognoserna lämnas i informationssystemet Hermes senast den 

- 5 februari

- 29 april

- 30 juli

- 25 oktober

1. Anslagsposten får användas i enlighet med förordningen (2018:495) om bidrag för rening av avloppsvatten från läkemedelsrester samt förordningen (2018:496) om statligt stöd för att minska utsläpp av mikroplaster till vattenmiljön. Därutöver får anslagsposten användas för Naturvårdsverkets merkostnader för att administrera stödet.

2. Högst 15 000 000 kronor får användas för kostnader för inventeringar, undersökningar och juridiska bedömningar eller andra utredningar som krävs som underlag för att genomföra åtgärder samt för framtagande av underlag för prioriteringar av framtida insatser.

3. Högst 15 000 000 kronor får användas för bidrag i enlighet med förordningen (2018:58) om bidrag till strandstädning. Naturvårdsverket beslutar om fördelningen av medlen efter dialog med Havs- och vattenmyndigheten.

Ändamålet för anslag 1:11

Anslaget får användas för utgifter för insatser och åtgärder för att förbättra, bevara, planera, restaurera och skydda havs- och vattenmiljöer. Anslaget får även användas för statsbidrag, medfinansiering av EU-medel, medlemskap i internationella organisationer samt för utvärdering av ovan angivna insatser och åtgärder. 

1. Minst 95 000 000 kronor ska användas till ett förstärkt arbete med vägledning, tillsyn, prövning och omprövning av vattenverksamheter, inkl. myndigheternas genomförande av lagstiftningen som innebär att vattenkraften ska förses med moderna miljövillkor på ett samordnat sätt med största möjliga nytta för vattenmiljön och för nationell effektiv tillgång till vattenkraftsel, samt till restaurering och biologisk återställning. Av det angivna beloppet ska minst 70 000 000 kronor fördelas ut till länsstyrelserna enligt en fördelningsnyckel som beslutas av Havs- och vattenmyndigheten i samråd med länsstyrelserna. 

2. Högst 31 000 000 kronor får användas för arbetet med att förebygga och förhindra introduktion och spridning av invasiva främmande arter, bl.a. enligt förordningen (2018:1939) om invasiva främmande arter.

3. Anslagsposten får användas för att utveckla åtgärdsarbetet mot övergödning, vilket bland annat ska omfatta bidrag till länsstyrelser för åtgärdsarbetet och att underlätta och stödja arbetet med åtgärdssamordning mot övergödning i avrinningsområden. Anslagsposten får även användas för administration och samordning av detta arbete hos Havs- och vattenmyndigheten. 

4. Högst 20 000 000 kronor får användas till insatser för ett ekologiskt representativt, sammanhängande och funktionellt nätverk av marint skyddade områden. 

5. Högst 16 000 000 kronor får användas för utveckling av selektiva, skonsamma och/eller rovdjurssäkra redskap i samverkan med fiskenäringen och Sveriges lantbruksuniversitet. 

6. Anslagsposten får användas för kostnader i samband med förberedelser och genomförande av ett möte i syfte att ta fram en ny överenskommelse om europeisk ål inom ramen för arbetet inom konventionen för migrerande arter, CMS.

7. Anslagsposten får användas för förberedelser och aktiviteter inför och under förhandlingarna om ett genomförandeavtal för marin biologisk mångfald (BBNJ) under havsrättskonventionen UNCLOS.

8. Anslagsposten får användas för att genomföra aktiviteter i samband med Sveriges ordförandeskap i kommissionen för bevarande av marina levande tillgångar i Antarktis (CCAMLR).  

9. Ett belopp om 5 000 000 kronor ska utbetalas till Göteborgs universitet för Havsmiljöinstitutet. Användningen av medlen ska redovisas enligt Havs- och vattenmyndighetens anvisningar.

10. Högst 2 000 000 kronor får användas för bidrag till Internationella fiskesekretariatet (FishSec). Bidraget ska användas till vetenskapsbaserad kunskapsspridning i frågor som Sverige driver internationellt, bl.a. beståndsvård, minimimått, fiskemetoder och liknande åtgärder för att uppnå ett hållbart fiske. Medlen betalas ut mot rekvisition. Användningen av medlen ska redovisas enligt Havs- och vattenmyndighetens anvisningar. 

11. Högst 8 000 000 kronor får användas för projekt och åtgärder som avser yrkesfiskets delaktighet i forskningsprojekt som syftar till att förbättra fiskbestånds status och livsmiljöer eller som medfinansiering av motsvarande åtgärder inom havs- och fiskeriprogrammet.

12. Anslagsposten får användas för bidrag enligt förordningen (2009:381) om statligt stöd till lokala vattenvårdsprojekt (LOVA-projekt). Medel får även användas för arbete avseende samma ändamål samt för kommunikation och administration av bidraget.  

13. Anslagsposten får användas för arbete enligt havsmiljöförordningen (2010:1341).

14. Högst 65 000 000 kronor får användas för bidrag enligt förordningen (2019:556) om statligt stöd för bättre vattenhushållning, till investering i ny teknik och för medfinansiering av åtgärder för en tryggad tillgång till dricksvatten. Medel får även användas för Havs- och vattenmyndighetens och länsstyrelsernas arbete avseende samma ändamål, samt för kommunikation och administration av bidraget.

15. Högst 27 000 000 kronor får betalas ut som bidrag för arbete enligt vattenförvaltningsförordningen (2004:660) enligt följande:

• högst 18 000 000 kronor till Sveriges meteorologiska och hydrologiska institut
• högst 9 000 000 kronor till Sveriges geologiska undersökning. 

16. För förordningen (1998:1343) om stöd till fiskevården får stöd till företag lämnas enligt kommissionens förordning (EU) nr 1407/2013 av den 18 december 2013 om tillämpningen av artiklarna 107 och 108 i fördraget om Europeiska unionens funktionssätt på stöd av mindre betydelse. De uppgifter som en medlemsstat har enligt artikel 6.1, 6.3 och 6.4 i kommissionens förordning ska utföras av Havs- och vattenmyndigheten.

1. Anslagsposten får användas för arbete vid länsstyrelserna enligt vattenförvaltningsförordningen (2004:660). Minst 25 000 000 kronor ska fördelas till de länsstyrelser som är vattenmyndigheter. Länsstyrelserna fördelar medlen i dialog med Havs- och vattenmyndigheten.

2. Högst 19 000 000 kronor får användas för arbetet med att förebygga och förhindra introduktion och spridning av invasiva främmande arter, bl.a. enligt förordningen (2018:1939) om invasiva främmande arter. 

1. Ett belopp om högst 7 000 000 kronor ska användas som bidrag till länsstyrelserna för deras arbete med tillsyn och tillsynsvägledning av avloppsreningsverk och enskilda avlopp.

Anslagsposten får användas för Havs- och vattenmyndighetens förvaltningsutgifter.

Villkor

Beloppen avseende infriade åtaganden är indikativa.

För sådan verksamhet som kräver medfinansiering av Havs- och vattenmyndigheten ska sådan finansiering finnas innan beslut om medverkan fattas. Inkomsterna, vilka ska särredovisas i årsredovisningen, disponeras av myndigheten.

Med undantag från 2 kap. 1 § kapitalförsörjningsförordningen (2011:210) får Havs- och vattenmyndigheten finansiera anläggningstillgångar, som huvudsakligen används i verksamhet som genomförs inom ramen för Europeiska havs- och fiskerifonden, med bidrag från fonden.